為提供各級學校教職員多元且具實務導向之進修管道，本校應用經濟與管理學系設有研究所碩士班，包含「應用經濟學碩士班」及「經營管理碩士班」。
本系研究所課程規劃兼顧理論基礎與實務應用，涵蓋經濟分析、管理決策、資料分析與政策評估等領域，適合有意提升專業知能、強化行政與管理能力之在職教職員報考進修。